Vitenskaplige undersøkelser viser at oppvarming av mat i mikrobølgeovn ikke gir økt risiko med hensyn til dannelse av skadelige stoffer. Undersøkelser viser også at næringsstoffer bevares like godt eller bedre enn ved vanlig koking og steking. Mat som tilberedes i mikrobølgeovnen kan beholde mer av vitaminer og mineraler, fordi mikrobølgeovner koker raskere og fordi det kan tilsettes mindre vann enn ved tradisjonell koking.

Mikrobølgeovner av nyere dato har ofte flere ulike stekemuligheter. De kan ha grillelementer og "innebygd" stekepanne som gir undervarme. Ved all steking, grilling og baking kan det dannes nye stoffer, hvorav noen kan være skadelig for arvestoffet og kreftfremkallende. Disse stoffene kalles stekemutagener. Tilberedning av mat i mikrobølgeovn er en skånsom tilberedningsmetode, som gir mindre sannsynlighet for dannelse av stekemutagener enn tradisjonell steking og grilling. Forsøk i Sverige har vist at tilberedning av bacon med fordel kan gjøres i mikrobølgeovn på grunn av redusert dannelse av nitrosaminer.